L'objectif du Code sanitaire pour les animaux aquatiques (ci-après dénommé le Code aquatique) est d'assurer la sécurité sanitaire des échanges internationaux d'animaux aquatiques (poissons, mollusques, crustacés et amphibiens) et de leurs produits dérivés, grâce à la définition détaillée des mesures sanitaires que les Autorités vétérinaires des pays importateur et exportateur doivent appliquer afin d'éviter le transfert d'agents pathogènes pour l'animal ou pour l'homme, tout en prévenant l'instauration de barrières sanitaires injustifiées.
